有十一个分院，分别是：负责经济学、金融学和贸易学研究的“社科一院”；负责人类心理学、社会心理学和行为学研究的“社科二院”；负责法学、犯罪学和各国法律条文研究的社科三院；负责意识形态、伦理道德、舆论导向以及传播学研究的社科四院；负责政治学、行政学和管理学研究的社科五院；研究国际关系和外国政治的六院；负责语言学和文字学研究的七院；负责考古的八院；负责宗教学研究的九院；负责研究社会学、人文地理、风俗习惯研究的十院；负责教育和体育，中外武术和保健等相关研究的十一院。这十一个分院下辖研究所有108个。
当然现在研究人员还比较少，除了目前最重要的，这几百个研究所不可能个个满员，有些比较次要的也就只是块牌子，挂靠到相近的专业研究所。而且现在的研究人员大多数都是生化人，本时空土著的数量不到十分之一，毕竟现在的中国实在太缺这些研究人员了。
除了以上三个科研单位，还有一个“西南文史艺术研究院”，主要负责是文学、历史、艺术类等人文艺术方面的研究，因为这方面在文德嗣心里的优先度比较低，所以就没有设分院，只给了十一个研究所的编制，分别负责：外国文学、中国文学、外国史、中国史、文物与艺术品（含金石、篆刻）、音乐、舞蹈、美术（含绘画、雕刻）、戏剧曲艺、民间艺术（包含魔术、杂技）、电影等十一个大类。
在文总向社会公开招揽研究人员时，前三个研究院都很顺利，但是在“文史艺术研究院”的招揽中却碰了一鼻子灰。这个单位遭到了几乎所有“大师”的抵制，这倒不是他们认为这个单位不受重视，资源少，这些情况都是只有加入了才会知道。
他们抵制“文史艺术研究院”的最大原因，是因为他们觉得这个编制极其不合理。居然把一群戏子、歌妓、跑江湖卖艺等等“下等人”干的事情，和他们这些高大上的文史大师们的研究
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