，一时之间，天下人心浮动，瞿式耜为稳定人心，到任后便和百姓同吃同住，规劝百姓安心耕种，同时招募兵马，积极训练备战，如此，地方人心才逐渐安定。
弘光政权覆灭后，唐王朱聿键在福州建立隆武政权，然而身在桂林的靖江王朱享嘉却不承认，也建立政权，自立监国，后派人拉拢瞿式耜，被瞿式耜严词拒绝，喝道：“如今隆武帝大位己定，自当同心共力光复大明江山，怎可兄弟手足相残，做那亲者痛，仇者快之事！”
后来瞿式耜联络朱享嘉手下大将焦琏，与其联手将朱享嘉抓拿，为隆武政权的巩固立下了汗马功劳，被隆武帝提升为兵部右侍郎，委广东重任。
无奈清军势大，第二年隆武帝被杀，隆武政权随之覆灭，瞿式耜便在广东拥立桂王朱由瑯即位，是为永历帝，永历提升他为吏部右侍郎，东阁大学士。随后几年，瞿式耜积极辅佐永历帝打理朝政，稳定人心，时刻不忘收复国土，恢复大明江山。并曾数次打败清军大举的进攻，无奈永历帝实在不争气，再加之国事颓败之时，永历朝文武大员竟还党争不断，自消实力，而满清实力却一日千里，以至最后桂林被孔有德围困。
逃跑天子永历帝在逃跑前，拉着瞿式耜的手，要他一起出走，被他严词拒绝，这时他慷慨说道：“臣乃留守，怎可弃桂林而走？城在则人在，城破则人亡，还望日后皇上奋起，驱逐鞑虏，光复大明江山。”
后来桂林城破，孔有德仰慕他的才气和威名，于是许下高官厚禄，希望他能够投降，却被他毫不客气的臭骂一顿。最后瞿式耜慷慨赴死前，留下绝命诗一首：从容待死与城亡，千古忠臣自主张，三百年来恩泽久，头丝犹带满天香。
写完后，向南面跪地，行五拜三叩之礼（此乃辞帝之礼），而后被孔有德所杀。可叹！可悲！一代人杰，竟落得如此下场！
再说此时的朝堂之上，钱谦益的历声喝问，因为多
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