岛原之乱是的导火索是德川幕府厉行禁教，使用了火刑烧死耶教教徒，其中有一个标志**件便是“平山常成事件”。
平山常陈本是一艘朱印船的船长，因为坐船为中国式平底船，在从马尼拉回归日本途中，被荷兰船误认为是中国船而遭到逮捕。
在搜查平山船的时候，荷兰人意外地发现了两名西班牙传教士，于是如获至宝地进献给德川幕府。幕府经过审讯后，将平山常陈和两名传教士全都处以火刑，其余十二名船员也尽皆处死。
从此宗教迫害扩大为贸易限制，葡萄牙人首先遭到驱逐，然后是英国人，最后在宽永元年（耶历1624年）严禁西班牙船只来航。日本船只除朱印状外，还必须得到“老中奉书”才许出海，居住在外国的日本人也一律严禁归国，归国即被处死。
在这样的打击之下，天主教在日本很快就被压抑下去。
直到宽永十四年（耶历1637年）秋季，岛原半岛及其南方的肥后国天草群岛发生大饥荒，可是领主松仓胜家仍然按照旧例征收年贡，并将交不起年贡的农民残酷处死。
诚如恩格斯所言，宗教是精神上的鸦片，有止痛的功效。在残酷现实的压迫之下，农民纷纷投向耶教寻求精神解脱。而这又触犯了德川幕府的最大忌讳——神权对世俗权力的冲击，从而引发了新一轮残酷禁教。
同年十月二十日，在饥荒和宗教迫害的双重压力之下，岛原有马村发起一揆，杀死了松仓氏的代官林兵右卫门，并且攻破藩武器库。团团包围住了松仓氏的本城——岛原城，掀起了岛原之乱的幕布。
“岛原之乱的失败之因在于‘笼城困守’四个字。”杨威道：“幕府以十倍之兵，破城势在必得，恐怕除了我军，不可能有任何一支军队能够在这种情况下守住城池。他们的最佳策略就是呼啸蔓延，以‘免粮求活’为口号。发起更大范围的……一揆。”
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